微生物基因組DNA序列標準RM 8375旨在用于微生物全基因組測序的驗證、優化、過程評估和性能評估。特別注意評估基因組序列。該材料旨在幫助評估高通量微生物 DNA 測序方法的性能。該基因組 DNA 已從細胞培養物中提取。
因為 微生物基因組DNA序列標準RM 8375是提取的 DNA,所以它不評估 DNA 提取等分析前步驟。然而,它確實對測序文庫制備、測序機器、堿基調用算法和隨后的生物信息學分析提出了挑戰。此 RM 并非旨在評估其他生物信息學步驟,例如菌株鑒定、系統發育分析或基因組注釋。基因組 DNA 的純度被評估為適合這些目的。
微生物基因組DNA序列標準中生命的遺傳信息是由基因組決定的。除一些病毒外,所有生物體都以 DNA 做為遺傳信息的載體。 基因組中基因包含構成和維持該生物體生命形式所必需的所有生物遺傳信息, 基因間序列對基因表達有 調控作用。 原核生物的生命活動包含復雜的代謝活動過程,即利用外界環境中的營養物質獲取自身生命活動所需要的能量,合成自身生長所需的原材料。原核生物需要根據外界環境的變化,來調節自身的酶 系統的組成及功能,以便利用不同的營養物質,調整細胞內一些蛋白質的數量,適應外界環境的變化。 因此原核生物基因組的結構、基因數量和功能的類型要遠遠多于其他一些簡單的病毒。
微生物基因組DNA相對較小,結構簡單,真細菌的 DNA 分子由一條環狀雙鏈 DNA 分子組成。DNA 與蛋白質結合在一起的,并不形成染色體結構,只是習慣上將之稱為染色體。原核生物基因是含特定遺 傳信息的一段連續的 DNA 序列, 是遺傳物質的最小功能單位。 原核生物基因組中基因多為單一拷貝, 連 續的 DNA 片段,從起始密碼子開始到終止密碼子結束,基因密度非常高,大約 75%以上的基因組序列是 蛋白質編碼區。原核生物的基因具有多順反子結構,通常是幾個不同的基因連在一起,受共同的調控區 域控制,轉錄形成一條 mRNA 序列。在非編碼區內主要是一些調控序列。 在一些功能區域,如翻譯起始區、 復制起始區、復制終止區、轉錄啟動區和終止區等,這些區域通常具有特殊的保守序列,并且還有反向 重復序列。 在細菌等微生物基因組中的可移動成分能產生轉座現象, 稱為轉座因子 (transposable element) 即可移動的基因,它能夠在一個 DNA 分子內部或兩個 DNA 分子之間移動。
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